Dans une acception commune, « indigène » est un terme qui s’est chargé de connotations péjoratives au fil de son histoire sémantique. Il n’en reste pas moins que son sens étymologique le rattache aux notions de « naissance, apparition, formation », avec une indication de localisation, celle d’une origine « interne », par le biais de la préfixation. Indépendamment de sa péjoration accidentelle par l’usage collectif au fil des siècles, un emploi visant à faire résonner les sèmes d’origine de ce terme lui ôterait donc toute nuance méprisante ou dévalorisante. En concurrence avec ce mot, on trouve « endogène », moins spécifique et non nécessairement lié à la qualification d’un peuple : sur le plan philologique, il s’agit en fait de la forme dite « populaire » du même mot, « indigène », qui, lui, constitue la forme « savante », calquée directement sur l’étymon et d’introduction plus tardive dans la langue. Ce qui nous intéresse surtout ici, c’est la différence de charge affective qui distingue les deux formes : version populaire naturellement dérivée de l’étymon latin par une lente érosion phonétique, « endogène » est moins culturellement marqué qu’« indigène », avec lequel il compose pourtant un « doublet », c’est-à-dire un couple de mots issus en réalité de la même forme étymologique. À cette connotation près, le sens global d’« endogène », « formé à l’intérieur d’un système donné », est proche de celui de sa version savante, « indigène » …

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